目前，对企业运费税收筹划存在几种错误的认识，这种错误认识的直接后果会导致企业错误行为的发生。所以，对企业运费纳税筹划误区应该得到及时指正，使纳税筹划实践在正确的认识指导下进行，以降低税务风险。
    利用运费扣税平衡点的进项税筹划不科学
    关于企业运费的纳税筹划，目前业界认同一个十分流行的观点，即运费中可抵扣增值税的物耗比R以23.53%为临界点。当R小于23.53%时，单独设立运输公司；否则不应设立运输公司。这种观点的详细推理如下：
    一般来说，增值税一般纳税人支付运费可抵扣进项税，收取运费应缴纳营业税或增值税。运费收支状况一旦发生变化，必然对企业纳税情况会产生影响。对一般纳税人自营车辆来说，运输工具耗用的油料、配件及正常修理费支出等项目，可按专用发票抵扣17%的增值税，即抵扣率为17%×R（R为运费中可抵扣税的物耗比，物耗比＝运输工具耗用的油料、配件及正常修理费支出等物质消耗÷运费收入）；若企业请他人车辆运输，或是自行成立一家运输公司，可抵扣7%的进项税，同时这笔运费在收取方还应当按规定缴纳3%的营业税，收支相抵后，运费的实际抵扣率为4%，假设两种情况下抵扣率相等，即17%×R＝4%，R＝23.53%，因此，可以把R＝23.53%称为“运费扣税平衡点”，说明当运费中可抵扣增值税的物耗比达到23.53%时，实际进项税抵扣率达4%，经测算，企业自营车辆R值小于23.53%，应单独成立一家运输公司更划算。运输公司是否分设，仅仅以运费中可抵扣增值税的物耗比R值为依据是不充分的，而应依据不同方案的折现税后净利润来判断。是否设立单独的运输公司，考虑的运费中可抵扣增值税的物耗比R的影响因素有增值税、营业税、企业所得税等因素，而且企业所得税的优惠直接影响了R值。在这种运输公司享受分阶段的企业所得税优惠时，是否设立独立的运输公司，应该比较运输公司在整个经营期内的税后净利润，而不是考虑单独的一个运费中可抵扣增值税的物耗比R值进行决策。
    此种观点将纳税筹划方案判断标准理解为不同方案税负小的优先。其实这是一个误区。因为，企业的经营目标是企业价值最大化，而企业价值最大化是以折现的税后净利润为标准的。不同纳税筹划方案有不同的税后净利润。应以不同方案的税后净利润为标准进行判断。按常理，税后净利润应为收入减去费用所得。因为，在不同的税收筹划方案中收入与纳税之外的费用不变时，因增值税与税后净利润无关，其它税种（除企业所得税）皆是所得税税前可扣除费用类。只有在增值税外的税负相比较大小，以税负金额大小为标准进行判断才可行。考虑增值税与营业税等税负大小进行判断作出税收筹划方案是不科学的。此外，不同方案增值税负的变化可能会引起收入与费用的变化，甚至会引起企业所得税税收优惠的变化，此时用税负大小进行方案选择更是不科学的。
    运用税收筹划处理运费时需要注意的问题是，企业运用税收筹划的目的是为了获取最大的税收利益，尽可能多地增加利润。税收筹划作为一项经济活动，在为企业带来收益的同时，也必然会耗费一定的成本。运用税收筹划处理运费时，无论是利用“运费扣税平衡点”分析法，在内部核算运费与设立运输子公司独立核算运费之间进行转换，还是把运费收入转化为代垫运费，都必然存在一定的转换成本，比如设立运输子公司而发生的开办费、管理费等支出，导致企业增加经营成本。因此，在运用运费的税收筹划时，事前需要进行必要的估算和相应的成本收益分析。当税收利益大于转换成本时，说明运费的税收筹划是可行的，反之，当税收利益小于转换成本时，则没有必要进行税收筹划。
    税收筹划是一项兼具综合性和复杂性的工作，在运用税收筹划处理运费时，要综合考虑各方面的影响因素，着眼于企业利润的稳定增长，而不仅仅是个别税种税负的高低。“运费扣税平衡点”主要是从与企业运费收支密切相关的流转税的角度对运费的税收筹划进行了分析，在实际操作中还应适当考虑其他影响企业税收负担和经营利润的影响因素。另外，还要具有一定的灵活性，如把运费收入转变成代垫运费方式会减少购货方进项税额，可能会增加购货方的税负。这时就要求根据购货方的情况有选择地实施该方法，而对于确实需要扣除增值税进项税额的购货方，也可灵活运用，通过努力使其接受这种运费处理方式。
    “两败俱伤”的运费代收筹划
    前不久，税务机关在税收检查中发现，某厂（增值税一般纳税人）2010年度在销售货物时，每次都开具两张发票同购买方结算应收货款，一张是增值税专用发票，另一张是运费发票。对于开具的增值税专用发票，该厂已按票面金额计算缴纳了增值税，对此国税部门毫无疑义。问题出在运费代收款项筹划处理上。该厂对开具的运费发票，做了以下账务处理：计入购货方的应收账款，明细账上注明“代收款项”，并按规定的比例代扣了营业税等有关地方税费，余下的款项准备分批、分次付给承运单位。截至2010年底，该厂共收取运费代收款项1185600元，扣除代扣的税费80621元，余下的代收款项为1104979元，该厂付给承运单位863136元，其余的241843元该厂未付给承运单位，暂挂在账上。国税部门对某厂作出处理决定：认定该厂收取的代收款项属于增值税范畴的价外费用，应补缴增值税172266.67元；认定该厂行为属于偷税，处以少缴增值税税款50%的罚款，补税罚款共计258400元，并按规定按日加收万分之五的滞纳金。该企业的老总面对如此严重的处罚，找到税务机关，申明代收款项是代垫运费，不应缴纳增值税，并要求说明处罚依据。税务机关的解释是：按照《增值税暂行条例》第六条和《增值税暂行条例实施细则》第十二条之规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。价外费用是指价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金（延期付款利息）、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费。凡价外费用，无论其会计制度如何核算，均应并入销售额计算应纳税额。但符合条件的代垫运费不包括在销售额中。
    代垫运费应符合两个条件，一是承运部门的运费发票开具给买方；二是卖方将发票转交给买方。很显然，该厂收取的款项不符合代垫运费的条件，因为代垫运费是销售单位在销售货物时必须先拿出资金支付给承运单位，然后才向购货方收取这笔款项，并且由承运单位直接开具发票由销货方转给购货方。该厂收取的费用应属于价外费用中的“代收款项”，应合并在销售额中缴纳增值税。该厂老总了解上述规定后，表示接受处罚，但希望税务机关给予指点，如何用合法的手段降低税收负担。现实中，企业在运费的处理上有以下两种方案：第一种方案，就是该厂2010年度的做法。结果是企业构成偷税，补税罚款共计258400元。而且该厂开具的运费发票因为不是运输单位开具的，取得的这些普通发票不符合税法的规定，不能抵扣，导致“两败俱伤”。第二种方案，采取代垫运费的方式。该厂不考虑销货运费，在销售货物时直接委托运输单位运输，让运输单位直接开具发票给购货单位，先由本厂付给承运单位运输费，然后再由本厂向购货单位收取运费。这种方案下，该厂收取的运费不纳增值税，因此当年可少缴增值税172266.67元。同时由于购货方取得的运费发票符合国家税法规定，还可以向税务机关申报抵扣进项税。对于第二种方案，如果购货方能及时付款，收回货款无大风险，这种方案合理合法。
    违背税法的运费“筹划”要慎重
    某企业是增值税一般纳税人，其外销产品全部委托某运输公司承运，主要销往广东。该企业连续两年税负率低于全市同类行业税负预警线。税务部门进行纳税检查时，在账面上发现疑点，产品销售单价与成本单价相比偏低、应纳税额变动率与应税销售额变动率不配比。
    经了解得知，企业为了达到少缴增值税的目的，在地税部门注册登记了一家运输公司。通过与购货方利益协调，将一部分产品销售收入变成运输费用收入，将本应开具增值税专用发票的一部分产品销售收入开具了货运发票的运费收入。双方购销合同在定价上规定：产品送到购货方按每吨800元（含税价）结算，其中以540元/吨的含税单价开具增值税专用发票，另外以260元/吨的运输单价开具货物运输发票，即采取“两票制”与购货企业进行结算。
    针对产品销售单价偏低，而运输费大大高于正常吨公里数的情形，检查人员责成企业提供运输公司的相关运输业务情况。结果发现，运输公司是以生产企业老板的名义注册的，且与企业明显存在关联关系。2005年度，企业销售收入总计670万元，运费收入高达340万元，占产品销售收入的50%以上。经查，企业利用关联关系，将产品销售收入转移为运输费用，金额达58万元，偷税9.86万元。税务机关根据《税收征管法》有关规定，对该企业作出了补税、罚款并加收滞纳金的处理决定。
    税收筹划的前提是合法，违背税法的“筹划”就是偷逃税，最终要受到税法的处罚。如果该企业通过成立一家运输公司专门负责运输，实事求是，是多少运费就据实开具多少金额的货运发票，可以合理合法地达到少缴增值税额的目的。但是企业将销售收入向低税率的运输公司转移，这不是税收筹划，而是一种违法行为。