某在华美国企业的主要业务是从国外采购大型机器设备组件与配件，到中国后再进行进一步生产和组装。此间，国外供货商需要对随同货物一并收取特许权使用费，分别签订两份合同。
　　该企业的财务人员近日很苦恼，因为海关部门要求其将特许权使用费并入完税价格，这样就会征收增值税。但在对外支付特许权使用费时，又要依据“营改增”政策的规定扣缴境外公司的增值税。而在实务处理中，该企业在海关代征增值税后，去税务机关办理特许权使用费支付的《服务贸易、收益、经常转移和部分资本项目对外支付税务证明》（以下简称《税务证明》）时，提交了已缴纳贸易项下增值税的凭证，税务机关并未强制要求再代扣代缴增值税，只是办理代扣代缴的企业所得税。基于此，财务人员不知该如何正确理解并适用税收政策，以避免多重征税。
　　《中华人民共和国海关关于进口货物特许权使用费估价办法》（海关总署令第102号）第三条规定，同时符合以下条件的特许权使用费应当计入进口货物的完税价格：一是与进口货物有关；二是费用的支付作为卖方出口销售该货物到中华人民共和国海关境内的条件。
　　从上述案例来看，该企业进口的是大型机器设备的组件和配件，两者之间有着必然的关系，符合第一个条件。同时，企业是在支付了特许权使用费后，境外的设备供应商才发货的，符合第二个条件。因此，海关要求企业将特许权使用费并入完税价格并征收增值税并没有错。
　　同时，根据《国家外汇管理局、国家税务总局关于服务贸易等项目对外支付提交税务证明有关问题的通知》（汇发〔2008〕64号），境内机构和个人向境外单笔支付等值3万美元以上（不含等值3万美元）下列服务贸易、收益、经常转移和资本项目外汇资金，应当按国家有关规定向主管税务机关申请办理《税务证明》：境外机构或个人从境内获得的服务贸易收入；境外个人在境内的工作报酬、境外机构或个人从境内获得的股息、红利、利润、直接债务利息、担保费等收益和经常转移项目收入；境外机构或个人从境内获得的融资租赁租金、不动产的转让收入、股权转让收益。
　　需要说明的是，汇发〔2008〕64号文件所指的服务贸易，包括运输、旅游、通信、建筑安装及劳务承包、保险服务、金融服务、计算机和信息服务、专有权利使用和特许、体育文化和娱乐服务、其他商业服务、政府服务等交易行为。也就是说，在非贸易项下支付特许权使用费时，支付方需再次扣缴该特许权使用费的增值税。根据《企业所得税法》的规定，支付方还需扣缴该特许权使用费的预提所得税。而且，3万美元以上的付汇必须向银行及外管局提供相关费用的完税证明方可支付。如果进口的货物和特许权使用费是用于生产经营或销售货物，则缴纳的增值税可以作为进项税额从销项税中抵扣，从增值税上看，并不会造成企业的税负损失，只是现金流的提前流出。实际的损失是进口环节已经缴纳关税后，在付汇时再度支付了预提所得税。进口和付汇的税款征缴分别由海关和税务机关管理，两个机构都有征税权，此种情况下双重征税就很难避免。
　　在未实行“营改增”之前，上述特许权使用费在实践中一直存在同时征收进口环节增值税和付汇环节营业税的问题。有人认为，这种情况属于两个税收体系，很难解决。在实行“营改增”后，支付方企业（一般纳税人）应取得通用税款缴款书依法抵扣相关增值税。已经海关代征境内纳税人的增值税，再支付特许权使用费时，不需要代扣代缴。
　　那么，作为企业，如何在“营改增”之后尽可能避免双重纳税呢？就上述案例中企业的情形，其可以考虑按照《财政部、国家税务总局关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》（财税字〔1999〕273号），适用增值税税收减免的优惠规定，申请享受特许权使用费减免政策。如果不能减免，特许权使用费代扣代缴的增值税与海关代征的增值税，企业如果可以抵扣，则只是影响其资金时间成本，但通常不能减免对方企业所得税的义务。企业所得税暂不考虑对方抵免的情形，在单次交易中，表现为税收成本的组成部分。当然，上述交易能否将特许权使用费并入货物的进口价格统筹考虑，从而减少重复征税也值得思考。